Ese sitio natural consiste en un estrecho cañón entre dos cerros de geología calcárea, formado por disolución de la roca caliza por donde discurre el río Olancho Portillo del Boquerón, el cual en cierta parte de su trayecto se hace subterráneo debido posiblemente a la formación de cuevas y cavernas por donde se filtra el agua, fluyendo nuevamente superficialmente aguas abajo.
ÉPOCA DORADA
En ese lugar, en el siglo XVI, los conquistadores españoles fundaron la población de San Jorge de Olancho, la cual resplandecía por sus estatuas y otros artefactos de oro que los fuereños acaparaban de los aborígenes y fue por allá de 1611, que esa comunidad fue destruida por la erupción de un volcán provocando que las aguas del río de Olancho los cubriera completamente en una hora.
Actualmente, se sabe que se trató de una falla geológica lo que provocó la inundación; muchos pobladores emigraron para otros lugares como la costa norte del país y por eso se menciona que la actual ciudad de Olanchito en Yoro, fue fundada por muchos de ellos
MANEJO INTEGRAL
El diputado Sánchez Rivera presentó ante la cámara legislativa, un anteproyecto de decreto para que se declare legalmente como monumento natural a El Boquerón, lo que facilitará la administración y manejo técnico sostenible del mismo con el fin de lograr la protección, conservación y el manejo integral de sus recursos naturales con la participación activa de las comunidades localizadas en las zonas de amortiguamiento y zonas adyacentes.
Se recuerda la tragedia que causó una tormenta tropical en agosto de 2008, en la comunidad de La Avispa, perteneciente al municipio de San Francisco de la Paz, donde murieron siete personas habiendo sido encontradas tres de ellas a las orillas del río Olancho, en la aldea de El Boquerón, mientras que de cuatro de ellas, hasta la fecha, se desconoce su paradero.
La tragedia también es atribuible al mal uso de los recursos en la zona y en ese sentido, el decreto promovido por el diputado olanchano, Reinaldo Sánchez Rivera, en su artículo uno, se crea el Monumento Nacional El Boquerón como área nacional protegida integrada al Sistema Nacional de Áreas Protegidas de Honduras (Sinap).
Para el mejor manejo de esa área natural, el monumento contará con una zona núcleo y una zona de amortiguamiento, de conformidad a lo establecido en el decreto.