Una hipótesis sugiere que un pez de la lluvia, como lluvia de peces se origina con las trombas marinas, que son tornados que se mueven por el agua, absorbiendo pequeñas criaturas que viven debajo de la superficie - por lo general los peces y las ranas - y depositarlos en otro lugar. Sin embargo, las trombas marinas no son conocidos por llevar su carga acuáticos grandes distancias.
Esto no ayuda a explicar el clima del pescado de Yoro, porque los peces que terminan varados no son nativos de los ríos o arroyos locales. Si la teoría de la tromba de agua fuera correcta, entonces los peces de Yoro tendría que provenir del cuerpo de la próxima más cercana de agua - el Océano Atlántico - y eso es cerca de 125 millas (200 kilometros) de distancia.
La leyenda local dice que el de evento peces lluvia es en realidad una bendición otorgada sobre el pueblo de Yoro por el padre José Manuel Subirana, un misionero español que visitó la zona en 1860 y rezó por los pobres y los hambrientos de la región, pidiendo a Dios que les proporcione con la comida.
Quizás la teoría más probable para explicar el fenómeno de lluvia de peces es la propuesta por un equipo de científicos de National Geographic, que fueron testigos de este acontecimiento extraño mientras trabajaba en Yoro, en la década de 1970. Tras señalar que los pescados eran completamente ciegos, los científicos concluyeron que los peces Yoro en realidad no caen del cielo. En cambio, las lluvias anteriores a su aparición probablemente obligan estos peces subterránea por encima del suelo. Aunque esta teoría de la lluvia de peces que tiene más sentido, es también la menos romántica, y por lo tanto está en gran medida ignorado.